“兰亭书法文化研究与传播中心”实行基地负责人负责制。基地负责人负责基地建设的所有事务，由所在单位的分管领导担任，并随其职务和分工的变化自然交替。现任基地负责人为兰亭书法艺术学院院长。

基地分为书法创作与理论、书法与中国文化的传承、书法教育与普及三个研究方向，每个方向由首席专家主持研究。三个方向的首席专家分别为：邱振中、赵雁君、俞志慧。核心成员应由基地所在单位的研究人员和本单位以外的省内外研究人员组成。中心设办公室，办公室责处理日常事务性工作。

中心成立“兰亭书法文化研究与传播中心学术委员会”。省外专家超过三分之二，委员会主要负责审议本基地建设方案、研究选题，指导基地建设计划的实施。“兰亭书法文化研究与传播中心学术委员会”现任主任为俞志慧。学术委员会下设办公室，办公室挂靠在“兰亭书法文化研究与传播中心”办公室，由基地办公室主任兼任学术委员会办公室主任，办公室负责处理日常事务性工作。